有机肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
有机肥中的有益微生物能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以少打农药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、还无污染。
微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
生物有机肥中的枯草芽孢杆菌等有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长；脱落酸，能促进果实成熟；赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
有机肥中的微生物具有很强的生命力，在土壤中长期存活，固氮菌、解磷、解钾菌等微生物，可利用空气中的氮并释放土壤中不易被作物吸收的钾和磷，持续供给作物养分。所以有机肥还具有长效性。
化肥的利用率只有30%～45%，损失的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用，而且还会造成土壤盐渍化和板结等不良后果。当施入有机肥后，其有益生物活动就能改善土壤结构，增加土壤保水保肥能力，从而减少了养分的流失。
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